Anteriormente, estas dependencias se establecieron con la llegada en 1769 del Departamento Marítimo a La Isla en distintos lugares y posterior en la Población de San Carlos.
Ya desde entonces, se adquirieron los terrenos actuales y derribando las casas existentes para la construcción del actual edificio) que albergó la Capitanía hasta 1868 año que, se trasladó a la población de San Carlos (actual escuela suboficiales).
Al regresar la Escuela Naval a San Fernando en 1910, vuelve nuevamente las Dependencias de Capitanía General a la calle Real. El edificio se remodelo en 1917. Actualmente una vez que prácticamente está vacío, no está definido el uso que destinarán sus instalaciones.